Az innovációs ügynökségek feladata, hogy információkkal, kapcsolatok építésével, stratégiák kidolgozásával és megvalósításának segítésével járuljon hozzá a hazai innovációs folyamatok élénkítéséhez, az innováció barát környezet kialakításához, valamint az innovatív vállalkozások számának és volumenének növeléséhez.
Jelenleg Magyarországon gyakorlatilag hiányoznak az innovációs ügynökségi szolgáltatások. Az NKFIH elsősorban stratégiai és innovációs politikai kérdésekkel foglalkozik, az innovációs központok, inkubátor házak, technológia transzfer irodák stb. pedig csak kismértékben végeznek ilyen tevékenységet, elsősorban hazai és nemzetközi pályázatokból tartják fent a működésüket.
Ma egy ötletgazda, akinek kipattan az agyából egy innovációs termék, technológia vagy szolgáltatás ötlet és a megvalósításhoz segítségre lenne szüksége, alig tud valakihez fordulni információért, tanácsért. Ha egy vállalkozásnak szüksége van egy speciális technológiára, K+F kapacitásra, ma nagyon nehezen találja meg azokat a technológiai centrumként működő vállalkozásokat, kutatóintézeteket, egyetemi kutató helyeket, kutatással is foglalkozó innovatív vállalkozásokat, akik rendelkeznek a neki szükséges technológiai szolgáltatással, illetve K+F kapacitással.
Az innovációs ügynökségek különböző szintű kialakítása és működtetése közösségi és elsősorban állami feladat lenne, mert olyan szolgáltatásokra van szükség, amelyeket jelenleg piaci alapon csak részben lehet finanszírozni. A már meglévő innováció központok, inkubátor házak, regionális innovációs ügynökségek, technológia transzfer irodák, önkormányzatok és gazdasági kamarák által működtetett innovációs irodák stb. nem kis részben alkalmasak innovációs ügynökségi szolgáltatások végzésére, de ezeknek a szolgáltatásoknak a kialakításához és működtetéséhez forrásokat kell biztosítani ezeknek az intézményeknek.